موضع آقای هاشمی رفسنجانی در حوادث پس از انتخابات در ابتدا فقط سکوت بود و در حالی که فعالان سیاسی انتظار واکنشی روشن از وی در قبال اردوکشی‌های خیابانی و اغتشاشات پس از آن را داشتند اما او پس از قریب به یک ماه سکوت، در نماز جمعه 26 تیر ماه حاضر شد و با ایراد خطبه هایی جنجالی خود را در معرض انتقادات گسترده ای قرار داد. 
آقای هاشمی در سخنانش با حمایت از سران و فعالان ناآرامی ها، شرایط کشور را هم "بحرانی" توصیف کرد و بار دیگر با ابراز تردید نسبت به انتخابات گفت: «این انتخابات اگر مشکلاتی در آن پیش نمی‌آمد ما در 30 سالگی انقلاب بهترین گام را در جهت تحقق جمهوری اسلامی برمی‌داشتیم. من نمی‌گویم که این اتفاق نیفتاده است، اما ما از اواخر دوران تبلیغات دچار تردید شدیم. افرادی تردید کردند، تبلیغات نادرست و عمل نادرست صداوسیما باعث شد، بذر تردید در دل مردم به وجود بیاید که مثل خوره به جان ما افتاده است."
وی که پیش از انتخابات هم چندین بار ادعای تقلب را به صورت تلویحی مطرح کرده بود، افزود: ما تردید را بدترین مصیبت می‌دانیم. البته دو گروه هستند؛ عده‌ای تردیدی ندارند، قاطع ایستاده‌اند و کار خودشان را میکنند، اما عده‌ای هستند که کم نیستند و بخش زیادی از مردم فهیم و عالم کشورمان هستند که می‌گویند ما تردید داریم. ما باید برای رفع تردید آنها کار کنیم. شرایط و دوران تلخی است. هیچکس از همه جریانات دلش نمی‌خواست که این‌طور شود. همه ضرر کردیم."
حمایت از بازداشت شدگان جریان فتنه
آقای هاشمی در ادامه خطبه‌های نماز جمعه خود از بازداشت شدگان جریان فتنه حمایت و در عین حال شورای نگهبان را متهم به عمل نکردن به وظیفه خود کرد.
وی همچنین خواستار توجه به اجرای قانون شد اما اشاره ای به ایستادگی جریان فتنه در برابر قانون نکرد؛ موضوعی که با توجه به دو خواسته دیگر او موجب شد فعالان سیاسی نه جریان فتنه که نظام را مخاطب این سخن او بدانند. به همین دلیل جمعیتی از آشوبگران خیابانی که طبق وعده رسانه های بیگانه به خیابان های اطراف دانشگاه تهران، محل اقامه نماز جمعه تهران، آمده بودند از سخنرانی آقای هاشمی استقبال و حتی ساعاتی بعد دست به اغتشاش در راستای آنچه حقوق اعلام شده خود در نماز جمعه نامیدند، زدند. در این اغتشاش خیابان های اطراف دانشگاه تهران تا ساعاتی به ناآرامی کشیده شد و اکثر آشوبگران که برای اولین بار به نمازجمعه تهران آمده بودند به جای شعار همیشگی «مرگ بر آمریکا» و«مرگ بر اسرائیل» شعار مرگ بر چین و روسیه سر دادند.
استقبال محافل بیگانهشاید به همین دلیل بود که سخنرانی جنجالی رئیس مجلس خبرگان همزمان با برانگیختن اعتراض شخصیت های و فعالان مطرح نظام، پوشش وسیع و معناداری در رسانه های بیگانه پیدا کرد.
به عنوان نمونه روزنامه انگلیسی ایندیپندنت در گزارشی تحلیلی نوشت که "هاشمی رفسنجانی در سخنانی که تقویت کننده مخالفان بود به صراحت از برخی نهادهای حکومتی در ایران انتقاد کرد" و روزنامه آمریکایی واشنگتن پست نیز عنوان کرد "خطیب نمازجمعه تهران به صورت تلویحی از مشروعیت جنبش مخالف به سرکردگی موسوی حمایت کرد."
بی توجهی به هشدار رهبر انقلاب
اما آقای هاشمی در شرایطی تلاش کرد تا از تریبون نماز جمعه ادعای سران داخلی جریان فتنه یعنی تقلب را مطرح و به نوعی تایید کند که رهبر معظم انقلاب چندین بار پیش از برگزاری انتخابات از جمله در سخنرانی اش در روز نوروز 88 درباره هدف دشمن در مخدوش کردن اعتماد عمومی به نظام شخصیت های داخلی هشدار داده بودند.
ایشان این موضوع را در خطبه‌های نماز جمعه 29 خرداد ماه 88 و حدود یه ماه پیش از خطبه های جنجالی آقای هاشمی هم بیان کرده بودند: هدف دشمن این است. میخواهند اعتماد را بگیرند تا مشارکت را بگیرند، تا مشروعیت را از جمهورى اسلامى بگیرند ... این خط را از پیش از انتخابات هم شروع کردند؛ از دو سه ماه پیش از این. من اول فروردین در مشهد گفتم هى دارند دائماً به گوشها میخوانند، تکرار میکنند که بناست در انتخابات تقلب بشود. میخواستند زمینه را آماده کنند. من آنوقت به دوستان خوبمان در داخل کشور تذکر دادم و گفتم این حرفى را که دشمن میخواهد به ذهن مردم رسوخ بدهد، نگوئید. نظام جمهورى اسلامى مورد اعتماد مردم است. این اعتماد آسان به دست نیامده است.
ایشان همچنین افزودند که "مردم اطمینان دارند؛ اما برخى از طرفداران نامزدها هم اطمینان داشته باشند که جمهورى اسلامى اهل خیانت در آراء مردم نیست. ساز و کارهاى قانونى انتخابات در کشور ما اجازه‌ى تقلب نمیدهد. این را هر کسى که دست‌اندرکار مسائل انتخابات هست و از مسائل انتخابات آگاه است، تصدیق میکند؛ آن هم در حد یازده میلیون تفاوت!"
تاکید هاشمی بر مواضعش سابق
با این حال آقای هاشمی حاضر به اصلاح سخنانش در نماز جمعه نشد که حتی در مقاطع دیگری از جمله در مشهد و در دیدارش با اعضای حزب اعتدال و توسعه بر خطبه های جنجالی خود تاکید کرد.
او در ماه های بعد هم ترجیح داد که یا سکوت کند و یا به فراخور زمان مواضعی که منتقدان آن را "دو پهلو" دانستند، اتخاذ کند.
در تذکر به موضع گیری برخی خواص بود که حضرت آیت الله خامنه ای در روز 29 دی ماه 88 در دیدار مسئولان شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی و رؤسای ستادهای دهه فجر سراسر کشور، موضع گیری شفاف و پرهیز از مواضع مبهم و دو پهلو را یکی از نیازهای مهم دوران فتنه و غبارآلودگی فضا دانستند و افزودند: دشمنان همواره مخالف شفاف بودن فضا هستند زیرا آنها در فضای غبار آلود و فتنه می توانند به اهداف خود برسند.
تذکر به خواص
حضرت آیت الله خامنه ای تأکید کردند: در شرایط کنونی همه جریانها و گرایش های سیاسی داخل نظام باید خط و مرز خود را با دشمن به صورت شفاف مشخص کنند و در این میان وظیفه خواص بویژه خواصی که تأثیرگذاری بالایی دارند، بیش از دیگران است.
رهبر انقلاب اسلامی خاطرنشان کردند: موضع گیری دو پهلوی خواص مطلوب نیست و خواص باید مواضع خود را در قبال سخنان و اقدامات دشمن، شفاف بیان کنند.
ایشان افزودند: وقتی سران استکبار و ظلم، و اشغالگران کشورهای اسلامی وارد میدان می شوند و موضع گیری می کنند، دو پهلو و مبهم سخن گفتن صحیح نیست زیرا باید مشخص شود، افرادی که داخل نظام جمهوری اسلامی هستند، چه موضعی دارند و آیا حاضر هستند از دشمن تبری بجویند؟
تکرار بصیرت براى خواص
رهبر انقلاب حدود دو ماه بعد هم بیانات در دیدار اعضاى مجلس خبرگان رهبرى که آقای هاشمی هم در آن حضور داشت، تاکید کرد: باید دشمنى‌ها را شناخت. مشکل ما این است. اینکه بنده مسئله‌ى بصیرت را براى خواص تکرار میکنم، به خاطر این است. گاهى اوقات غفلت میشود از دشمنى‌هائى که با اساس دارد میشود؛ اینها را حمل می کنند به مسائل جزئى. ما در صدر مشروطه هم متأسفانه همین معنا را داشتیم.
ایشان در سال 89 هم چندین بار درباره اهمیت موضع گیری شفاف خواص سخن گفتند اما بخشی از سیاسیون معتقدند که مواضع آقای هاشمی همچنان دو پهلوست.
هاشمی: تابع رهبر انقلابم!
هرچند آقای هاشمی چندی پیش در دیدار جمعی از روحانیون و اساتید دانشگاه گفت که خود را "ملزم به تبعیت از دستورات رهبری می‌دانم" اما همچنان ترجیح داده است در برابر اقدامات جریان فتنه رویه سابق را ادامه دهد.
او حتی چند روز پیش در دیدار برخی اعضای انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه گیلان بار دیگر تاکید کرد: در خصوص مسائل کشور مواضع خود را به صورت مشخص در آخرین حضورم در نماز جمعه تهران اعلام کردم و اکنون نیز به آن معتقدم.
استقبال بی بی سی
پس از تاکید چندباره آقای هاشمی بر خطبه های نمازجمعه جنجالی اش بود که بار دیگر رسانه های بیگانه به پوشش گسترده مواضع او پرداختند.
به طوری که بی بی سی، رسانه دولتی انگلیس که از عوامل مهم تحریک و هدایت آشوب طلبان محسوب شده، حتی "فیلم" خطبه های خبرساز نماز جمعه 26 تیرماه آقای هاشمی را هم بر روی سایت خود منتشر کرد.
سایت موسوی: سخنان هاشمی دلسوزانه بودسایت رسمی میرحسین موسوی، از سران فتنه 88، هم در گزارشی با عنوان " بازخوانی سخنان هاشمی رفسنجانی در نمازجمعه سبز"، نوشت: تاکید دوباره آیت الله اکبر هاشمی رفسنجانی رییس مجلس خبرگان رهبری بر مواضع خود در نمازجمعه سبز تهران در ۲۶ تیر ۸۸ بار دیگر خاطره توصیه‌های دلسوزانه وی برای عبور از بحران پس از انتخابات را زنده کرد.
